Nguyễn Thị Hậu là giảng viên tại Trường ĐHKHXH&NV.TPHCM (1981 – 1994 và từ 2015 đến nay), Phó giám đốc Bảo tàng lịch sử TPHCM (1994 – 2005), Phó Viện trưởng Viện Nghiên cứu phát triển TPHCM (2008 – 2014).

Hiện nay bà nghiên cứu và giảng dạy về Khảo cổ học VN, Văn hóa Việt Nam, Cộng đồng và văn hóa đô thị, Bảo tồn di sản đô thị… Bà đã tham gia nhiều dự án về quy hoạch đô thị, an sinh xã hội và phát triển văn hóa TP. HCM… Bà đã xuất bản 05 công trình nghiên cứu và nhiều tập tùy bút về di sản văn hóa.

TS Nguyễn Thị Hậu là Phó Tổng thư ký Hội Khoa học lịch sử VN, Tổng Thư ký Hội Sử học TPHCM.